20 февраля 1996 года Константинопольский патриарх Варфоломей подтвердил томос ЭАПЦ 1923 года во всех его деталях.
"Народ Эстонии, который хочет жить свободно и мирно в своей вере, должен быть свободен и от того, что лидер его веры в лице патриарха является частью агрессивного террористического государственного аппарата".
Лаури Ляэнеметс, министр внутренних дел, СДП
Если Эстонская апостольско-православная церковь, находящаяся в канонической юрисдикции Константинопольского патриархата, также перерегистрировала свои основные документы в соответствии с Законом о церквях и конгрегациях 1993 года, то православная церковь, находящаяся в юрисдикции Московского патриархата, хотела быть признанной правопреемницей досоветской ЭАПЦ, ее регистрация была заблокирована до 2002 года, когда представители государства и церкви достигли соглашения по тексту церковного устава, в котором не было упоминания об Эстонской православной церкви Московского патриархата как правопреемнице досоветской ЭАПЦ.
За все годы существования Эстонской Республики ни один православный (или любой другой конфессии) храм в Эстонии не был закрыт государством - двери культовых сооружений были и остаются открытыми для членов общин.
Патриарх Русской православной церкви Кирилл неоднократно оправдывал, одобрял или благословлял военную агрессию Российской Федерации против Украины, начавшуюся 24 февраля 2022 года. Со временем послания и призывы становились все более агрессивными.
27 марта 2024 года Всемирный русский народный собор под руководством патриарха Русской православной церкви Кирилла принял документ, в котором говорилось о священной войне против Украины и западного мира, находящегося под влиянием "сатанизма". Это означает агрессивное противостояние европейским ценностям. Как, по мнению Московского патриарха, Украина должна быть частью "Русского мира", так и, согласно заявлению, все так называемое постсоветское пространство, включая Эстонию, входит в сферу влияния Российской Федерации. Согласно этому призыву, Эстония - одно из враждебных государств, которое должно исчезнуть. Патриарх назвал это священной войной и призвал поддержать ее всех православных верующих, принадлежащих к Московскому патриархату, в том числе и в Эстонии.